Příčina onemocnění není známa, ale nejčastěji se v literatuře uvadějí:

• genetické vlivy - asi u 5% pacientů se nemoc vyskytuje v příbuzenstvu, nespecifické střevní záněty se častěji vyskytují u jednovaječných dvojčat
• infekční původ - uvažuje se o infekci virem spalniček či pomalými viry a o vlivu bakteriálních či virových toxinů
• porucha obranyschopnosti - zvýšená propustnost střevní sliznice, tvorba velkých komplexů protilátky a antigenu, alergické reakce
• dlouhodobé nepříznivé působení jiných faktorů - různé potraviny a tekutiny, ale také to co dýcháme. Například země s největší konzumací tz. margarínů - Finsko - má také největší procento postižených obyvatel
  
  

Bohužel právě fakt, že není známa přesná příčina onemocnění znamená, že není znám ani lék, který by tyto choroby vyléčil. Současná léčba není tedy kauzální (léčící příčinu), ale symptomická - léčí se pouze příznaky onemocnění, případně následky a komplikace.
Crohnova choroba i ulcerózní kolitida mají mnoho společného, ale liší částí střeva, kterou postihují a také do jaké hloubky postihují střevní sliznici.