Ascesy a píštele jsou produkty rozšírení praskliny nebo vredu mucosy pres strevní stenu do další smycky streva, nebo do další strevní tkáne. Absces je vetšinou zpusoben výlevem strevního obsahu do pobrišnicní dutiny. 

Terminální ileum je nejpravdepodobnejším pocátecním bodem vzniku abscesu, který se zde vyskytuje u 15-20% nemocných s CN. Typickým klinickým príznakem je horecka a bolest bricha. Laboratorní výsledky projevují zvýšenou hladinu leukocytu. Klasickou diagnostickou metodou je CT(pocítacová tomografie), vyšetrení za pomoci kontrastní látky(barium) a v neposlední rade ultrazvuk(sonografie). 
Nasazení širokospektrých antibiotik a drenážování vykazuje pri lécbe spolehlivé výsledky. I pres tuto spolehlivost muže docházet k dalším komplikacím, kdy je treba pro postupující zánetlivé ložisko napadající okolní tkáne postiženou cást streva chirurgicky odstranit.

Píštele se vyskytují u 20-40% nemocných s CN. Vetšina z nich má formu enteroenterických nebo enterocutanelosních. Bez ohledu na umístení mají ale vetšinou shodnou podobu, kdy hluboký zánet proniká do prilehlého orgánu nebo kuže. Nejcasteji je postiženo terminální ileum. Enetroenterické píštele se zrídkakdy projevují nejakými zásadními symptomy. Pouze píštele vetšího prumeru a hlubšího charakteru na tenkém streve mohou vyvolávat symptomy jako malabsorbci, prujem, a váhovou ztrátu.

Asymptomatické píštele nevyžadují nevyžadují akutní lécbu. Vzhledem k tomu, že mohou behem casu menit svuj charakter, je možné pomocí príslušné lécby pracovat na jejich uzavrení. Nejlepších výsledku je prozatím dosahováno s prípravkem Remicade. Po vysazeni terapie však bohužel casto dochází k opetovnému otevrení píštele. V prípade recidivující píštele je možné pristoupit k chirurgickému rešení.